С помощью долгих и упорных ковыряний в инете и голове все проблемы с MySQL порешались. Поиск сейчас работает нормально.
Кстати для стандартного поисковика написал бота который ищет текст также и в разделе файлов (в котором если что есть свой поиск, расширенный). Найденные файлы отображаются первыми, перед статьями и т.д.
Спасибо Андрею Попову за лечение MySQL, подал несколько дельных мыслей … «лысому шапку» слепили 🙂